Giải U21 Quốc gia 2020 diễn ra từ 24/11 đến 19/12. Tham dự vòng loại có 16 đội, chia thành 4 bảng. Bảng A do Viettel đăng cai gồm Viettel, Hà Nội, Nam Định và Luxury Hạ Long. Bảng B do Kon Tum đăng cai có Phố Hiến, Đà Nẵng, Khánh Hòa và Đăk Lăk.
Bảng C do Gia Lai đăng cai có HAGL, SLNA, CAND và Tây Ninh. Bảng D do Bến Tre đăng cai gồm Bến Tre, Vĩnh Long, Đồng Tháp và Long An. Các đội trong bảng thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng. 4 đội nhất bảng và 3 đội nhì bảng có chỉ số phụ tốt nhất sẽ cùng chủ nhà Khánh Hòa tham dự vòng chung kết.
Sau khi vòng loại khép lại, 8 đội giành vé tham dự vòng chung kết gồm Nam Định, Viettel (A), Phố Hiến (B), Công an Nhân dân, SLNA (C), Long An, Đồng Tháp (D) và Khánh Hoà (chủ nhà).
Sáng 9/12, BTC tiến hành họp báo và bốc thăm chia bảng. Theo đó, bảng A là sự có mặt của chủ nhà Khánh Hòa, Đồng Tháp, Nam Định và Công an Nhân dân. Bảng B là sự có mặt của SLNA, Viettel, Long An và Phố Hiến.
15h00, 10/12: Đồng Tháp 1-3 Nam Định (Video Highlights)
17h30, 10/12: Khánh Hòa 0-1 Công an Nhân dân (Video Highlights)
15h00, 11/12: SLNA 1-1 Phố Hiến (Video Highlights)
17h30, 11/12: Long An 1-3 Viettel (Video Highlights)
15h00, 12/12: Nam Định 3-0 Công an Nhân dân (Video Highlights)
17h30, 12/12: Đồng Tháp 0-0 Khánh Hòa (Video Highlights)
15h00, 13/12: Viettel 2-0 Phố Hiến (Video Highlights)
17h30, 13/12: Long An 1-5 SLNA (Video Highlights)
15h00, 14/12: Công an Nhân dân 1-3 Đồng Tháp
15h00, 14/12: Khánh Hòa 3-2 Nam Định (Video Highlights)
15h00, 15/12: Phố Hiến 4-0 Long An
15h00, 15/12: SLNA 1-1 Viettel (Video Highlights)
15h00, 17/12: Nam Định 0-1 SLNA
17h30, 17/12: Viettel 2-1 Đồng Tháp
17h00, 19/12: SLNA 0-1 Viettel (Video Highlights)