YZR-M1 được biết đến với khả năng tùy biến cực mạnh. Vị trí của càng sau và động cơ có thể được điều chỉnh theo từng trường hợp cụ thể.

Cũng giống như những chiếc MotoGP khác, M1 sử dụng bộ ly hợp khô kiểu xe đua. Nó giúp giảm đáng kể tổn thất điện năng ký sinh so với bộ ly hợp ướt “tắm trong dầu”.

M1 cũng nổi tiếng với khả năng lắp đặt dễ dàng. Bộ ống nhún giảm xóc của xe có thể được lắp đặt chỉ vài phút trước khi đua.

Đây là lợi thế không nhỏ nếu biết rằng những điều chỉnh về cài đặt xe phút chót là đặc biệt hữu ích khi điều kiện đường đua hay thời tiết thay đổi đột ngột.

M1 sử dụng bộ phanh trước là sản phẩm mới nhất của hãng Brembo:

Khung compa 4 piston đĩa đôi 320mm làm bằng sợi carbon. So với phanh kim loại, phanh bằng sợi carbon cần hoạt động ở nhiệt độ cao hơn nhiều.

Cả Valentino Rossi và Jorge Lorenzo đều sử dụng ống xả Akrapovic, tuy nhiên chiếc M1 của Rossi  sự dụng ống xả có độ mở lớn hơn nhiều so với  Lorenzo.

Buồng lái của chiếc xe mà Jorge Lorenzo sử dụng không quá khác biệt so với những chiếc xe đua hai bánh vẫn đang được những người yêu tốc độ sử dụng trên đường hàng ngày.

Một trong những lý do là MotoGP nghiêm cấm việc đội đua và tay lái trao đổi thông tin với nhau qua sóng radio, khiến tác dụng của các thiết bị hỗ trợ điện tử bị vô hiệu hóa đáng kể. Điểm đáng chú ý là YZR-M1 cho phép tay lái điều chỉnh khung xe cũng như việc sắp đặt các thiệt bị điện tử tại buồng lái một cách khá tùy ý.

Yamaha cho biết chiếc YZR-M1 chỉ nặng 158 kg. Nó nhẹ hơn 42 kg so với “người anh em” YZF-R1 được mô phỏng để sử dụng trên những con đường bình thường.