Sau những lùm xùm về chuyện trọng tài, đặc biệt là sự phẫn nộ của người hâm mộ và phản ứng mạnh mẽ từ phía CLB bị ảnh hưởng bởi những tiếng "còi méo", VPF đã lên tiếng xin lỗi. Với tinh thần cầu thị sâu sắc, VPF cho biết với vai trò là đơn vị tổ chức, công ty này xin ghi nhận những đóng góp của các CLB và người hâm mộ trong cả nước. Đặc biệt, sau những sai sót, sự cố đã xảy ra, VPF không tránh khỏi một phần trách nhiệm.
Trong văn bản gửi đi ngày 11/5, đại diện VPF đã lên tiếng xin lỗi CLB SLNA. "Với vai trò là đơn vị tổ chức, quản lý và điều hành giải đấu, trước hết Công ty VPF xin trân trọng ghi nhận tất cả các ý kiến đóng góp của CLB, đồng thời xin được chia sẻ, gửi lời xin lỗi chân thành đến toàn thể lãnh đạo, cầu thủ, người hâm mộ của CLB SLNA nói riêng và người hâm mộ bóng đá cả nước nói chung vì những sai sót của trọng tài phát sinh trong trận đấu nếu trên.
Công ty VPF và BTC cảm thấy rất đáng tiếc khi trọng tài điều hành trận đấu này đã để xảy ra những thiếu sót, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến kết quả trận đấu, điều đó không chỉ ảnh hưởng đến tinh thần, sự nỗ lực phấn đấu của toàn thể CLB mà còn gây ra những ảnh hưởng không tốt đến công tác điều hành, tổ chức giải đấu của Công ty VPF, của BTC và hình ảnh của lực lượng trọng tài cũng như của bóng đá Việt Nam", Công văn này viết.
Trước đó, phía CLB SLNA đã có công văn khiếu nại gửi VPF và VFF đề nghị treo còi vĩnh viễn trọng tài Hà Anh Chiến. Với lý do vị vua sân cỏ này đã phạm sai lầm nghiêm trọng, làm ảnh hưởng tới kết quả trận đấu. Sai lầm của trọng tài Chiến còn khiến hình ảnh của bóng đá Việt Nam kém hấp dẫn trong mắt người hâm mộ, danh tiếng và chất lượng của giải đấu cũng vì thế mà không được đảm bảo.