Trong khi việc xây dựng cơ sở vật chất phục vụ các môn thi đấu chưa được hoàn tất toàn bộ, thì chính quyền thành phố Rio de Janeiro lại đang phải đối mặt với loại virus zika đang lây lan với tốc độ chóng mặt.
Đây là loại virus lây qua muỗi và được đánh giá là nguy hiểm vì có thể gây dị tật cho thai nhi. Hiện tại chưa có loại vắc-xin có thể phòng bệnh zika và nhà chức trách tại Brazil đang nỗ lực phun thuốc diệt muỗi và làm sạch môi trường sống.
Vấn đề ô nhiễm nguồn nước và môi trường tại Rio đã được cảnh báo từ lâu nhưng do thiếu kinh phí và nhân lực nên đến hiện tại, nước chủ nhà Olympic 2016 vẫn chưa thực sự đem đến sự yên tâm cho các quốc gia tham dự ngày hội lớn nhất của thể thao thế giới.