Chiều 11/4, Ban Tổ chức Giải Bóng rổ Vô địch Quốc gia 2021 đã bốc thăm chia bảng và xếp lịch thi đấu cho các nội dung nam và nữ 3x3. Tổng cộng có 11 đội nam và 6 đội nữ tham gia tranh tài ở nội dung bóng rổ 3 người, diễn ra từ 12-14/4.
Ở nội dung của nam, 11 đội được chia vào 2 bảng, chọn ra 2 đội có thành tích mỗi bảng vào Bán kết. Bảng B trở thành bảng tử thần, khi đội 1 của Phòng Không - Không Quân, XSKT Hậu Giang, Sóc Trăng, Thành Phố Hồ Chí Minh góp mặt cùng đội Hà Nội 2. Hà Nội 1 nằm ở bảng A gồm NTĐ TDTT Phú Thọ, PKKQ 2, XSKT Hậu Giang 2, Sóc Trăng 2 và TPHCM 2.
Tại nội dung của nữ, Hà Nội và Thành Phố Hồ Chí Minh đều chia 2 đội thi đấu nội dung 3x3. Họ và Cần Thơ, Quảng Ninh sẽ thi đấu vòng tròn 1 lượt chọn ra 4 đội có thành tích tốt nhất thi đấu vòng Bán kết.
Một nét độc đáo khác là giải đấu sẽ có cuộc thi ném xa diễn ra vào ngày 14/4. Sau khi cuộc thi ném xa diễn ra sẽ là các trận Bán kết, Chung kết 3x3. Vòng bảng sẽ diễn ra gói gọn trong 2 ngày 12 và 13/4. Các trận đấu của giải sẽ diễn ra từ 15h hàng ngày.