Đội bóng xứ Nghệ có cuộc cải tổ mạnh mẽ vào tháng 6/2021. Tập đoàn Tân Long tiếp quản đội bóng từ nhà tài trợ Bắc Á. Sau 12 năm, SLNA chuyển đổi sang chủ mới. Đội bóng này có sự tái thiết mạnh mẽ ở cấp độ thượng tầng.
Hai ông Trương Sỹ Bá, Trương Mạnh Linh thay thế hai người tiền nhiệm là Nguyễn Hồng Thanh và Hồ Văn Chiêm để ngồi vào hai ghế quan trọng Chủ tịch và Tổng giám đốc. Cựu tuyển thủ QG và người con xứ Nghệ Văn Sỹ Hùng giữ chức Phó giám đốc chuyên môn. Vai trò của ông Hùng là kiến thiết xây dựng bóng đá xứ Nghệ ở các cấp độ đội trẻ và tư vấn cho đội 1.
Tuy nhiên, năm 2021, CLB SLNA đang có nhiều biến động. Ở vòng chung kết U21 Quốc gia 2021, đội bóng này bị loại ngay vòng bảng khi thua Học viện Nutifood, Hà Nội và chỉ thắng Nam Định.
Ở VCK U13 toàn quốc 2021 tổ chức tại thành phố Vinh, sự cố hy hữu xảy đến khi chủ nhà và cũng là đương kim vô địch không thể tham dự. Theo thông báo từ Liên đoàn bóng đá Việt Nam, U13 SLNA và U13 Khánh Hòa không được phép tham dự vì liên quan đến COVID-19.
Thông báo số 4 ngày 28/12 có đoạn: “Theo quy định về y tế, dịch tễ áp dụng cho giải đấu, hiện nay đã xuất hiện một số ca dương tính với COVID-19 tại giải và đã được cơ quan y tế kiểm tra, khẳng định.
BTC giải thông báo về việc 2 đội bóng Sông Lam Nghệ An và Khánh Hòa không thể tiếp tục tham dự giải Bóng đá Thiếu Niên toàn quốc Yamaha Cup 2021. Như vậy, giải đấu sẽ tiếp tục diễn ra với sự tham dự của 12 đội bóng còn lại”. Sự cố xảy ra có lỗi không nhỏ từ công tác quản lý của lãnh đạo đội bóng.
Theo tìm hiểu, ông Hùng cũng không có tiếng nói quyết định trong các vấn đề liên quan của đội 1 SLNA. Trước những vấn đề đó, dư luận dấy lên thông tin cựu tuyển thủ QG Văn Sỹ Hùng thôi giữ chức Phó giám đốc chuyên môn CLB SLNA. Trao đổi về vấn đề này, ông Hùng cho rằng, chưa có thông tin chính thức.