Filip Nguyễn hiện đang bắt chính ở CLB Slovan Liberec thuộc hệ thống giải VĐQG Cộng Hòa Séc. Thủ thành này được biết đến là một trong những cầu thủ Việt kiều tài năng. Anh từng được đào tạo ở CLB Sparta Prague và được chính người thầy nổi tiếng Petr Cech huấn luyện.

Năm 2016, bằng những mối quan hệ riêng của mình, Filip Nguyễn từng về Việt Nam thử việc ở CLB Thanh Hóa. Chủ tịch đội bóng lúc đó là ông Doãn Văn Phương đã đích thân đón cầu thủ này. Ở thời điểm đó, Thanh Hóa đang sở hữu 3 thủ môn là Nguyễn Thanh Thắng, Lương Bá Sơn và Nguyễn Minh Phong. Khi đó, Thanh Thắng vẫn đang là thủ môn số 1 của đội bóng xứ Thanh.

Trong thời gian ngắn luyện tập và thử sức tại Thanh Hóa, Filip Nguyễn phần nào khẳng định được tài năng của mình. Chuyên môn của thủ môn này được đánh giá khá cao bởi những kỹ năng cơ abnr đã được rèn luyện bên trời Âu.

Thế nhưng, mong muốn được trở về thi đấu cho quê hương của Filip Nguyễn đã không thể trở thành hiện thực. Không giống như Đặng Văn Lâm hay Mạc Hồng Quân, Filip Nguyễn chưa có quốc tịch Việt Nam. Đó chính là vấn đề trở ngại lớn nhất của thủ môn này. Dù đội bóng Thanh Hóa cũng đã nỗ lực hết sức trong quá trình xin quốc tịch cho Filip Nguyễn kịp thời hạn đăng kí nhưng cuối cùng vẫn thất bại.