Do ảnh hưởng của dịch COVID-19, AFC Cup 2021 sẽ thi đấu theo thể thức tập trung ở từng bảng đấu. Lãnh đạo CLB Sài Gòn từng đánh tiếng đăng cai bảng đấu mà họ góp mặt. Tuy nhiên, bảng H của CLB Sài Gòn sẽ được tổ chức ở Singapore với các đối thủ chủ nhà Lion City, Kedah (Malaysia) và CLB thắng ở vòng play-off.

"Ngay sau lễ bốc thăm AFC Cup 2021 diễn ra vào ngày 27/1/2021, CLB Sài Gòn đã tiến hành thủ tục xin phép đăng cai tổ chức các trận đấu Vòng bảng H của AFC Cup 2021 với sự hỗ trợ rất nhiệt tình của Liên đoàn bóng đá Việt Nam cùng Phòng Tổ chức thi đấu và Phòng Quan hệ quốc tế VFF.

Tuy nhiên, với quy định của AFC về công tác y tế, thực hiện cách ly chỉ 4 ngày trước trận đấu đầu tiên không phù hợp với quy định cách ly 14 ngày của Chính phủ Việt Nam, nên Sài Gòn FC rất lấy làm tiếc không thể đăng cai trước nguyên nhân bất khả kháng này", CLB Sài Gòn thông báo về lý do không thể đăng cái vòng bảng AFC Cup 2021.

Ở các bảng đấu còn lại, bảng A tổ chức ở Bahrain; bảng B và C ở Jordan; bảng D ở Maldives; bảng E ở Kyrgyzstan; bảng H và I ở Singapore và bảng J ở Hong Kong. Bảng G với sự góp mặt của CLB Hà Nội là bảng đấu duy nhất chưa xác định địa điểm.

Ngoài Hà Nội FC còn có Bali United (Indonesia), Boeung Ket (Campuchia) và đội thắng ở trận play-off. 

Vòng bảng khu vực Đông Nam Á sẽ diễn ra từ ngày 22-28/6. Các đội sẽ chỉ thi đấu vòng tròn một lượt thay vì vòng tròn hai lượt như trước đây. Ba đội đầu bảng cùng đội nhì có thành tích tốt nhất sẽ bước vào tranh tài ở bán kết khu vực Đông Nam Á.

Ở giải đấu gần nhất, Hà Nội FC vào đến chung kết liên khu vực và chỉ chịu thất bại đáng tiếc trước CLB April 25 của CHDCND Triều Tiên.