Sau khi cùng Slovan Liberec lọt vào Top 6 tranh chức vô địch giải VĐQG CH Czech, Filip Nguyễn tiếp tục đón nhận tin vui. Ở bán kết Cúp QG CH Czech, Slovan Liberec đánh bại Sigma Olomouc với tỷ số 2-1 để giành tấm vé vào chơi trận chung kết.

Trước đối thủ không quá mạnh, lịch thi đấu dày đặc nên HLV Hoftych thực hiện xoay tua đội hình. Filip Nguyễn được nghỉ dưỡng sức để nhường chỗ cho Knobloch. Đội bóng của Filip Nguyễn vẫn thể hiện sức mạnh khi nhanh chóng đánh sập chủ nhà trong hiệp 1 với hai bàn thắng của Pesek và Alibekov. 

Mọi nỗ lực của Sigma Olomouc chỉ được đền đáp bằng bàn thắng danh dự của Julis. Vào chơi trận chung kết, đối thủ của Slovan Liberec là Sparta Praha, đội bóng giành thắng lợi 2-1 trước Viktoria Plzen ở trận bán kết còn lại.

Sparta Praha cũng là đội bóng cũ của Filip Nguyễn. Thủ thành mang hai dòng máu Việt – CH Czech từng giành hai chức vô địch cùng đội bóng này. Đó là cú đúp danh hiệu ở giải VĐQG và Cúp QG vào mùa giải 2013/2014. Tuy vậy, đóng góp của Filip Nguyễn khá hạn chế khi anh chỉ là thủ thành dự bị của đội bóng này.

Gặp lại Sparta Praha, Filip Nguyễn có cơ hội để bước lên bục cao nhất sau 6 năm chờ đợi khi mùa giải này, Slovan Liberec đều giành chiến thắng trong hai lần đối đầu. Trận chung kết Cúp QG CH CH Czech giữa Slovan Liberec vs Sparta Praha diễn ra vào ngày 1/7 tới.