Mùa giải 2019/2020 khá thành công với Filip Nguyễn cùng Slovan Liberec. Thủ thành mang hai dòng máu Việt – CH Czech là sự lựa chọn số 1 trong khung gỗ. Anh ra sân 33 trận và góp công vào thành tích giành tấm vé dự Europa League mùa này.
Và trước khi tham dự vòng loại đấu trường châu Âu, Slovan Liberec bước vào các trận đấu đầu tiên của giải VĐQG CH Czech 2020/2021. Ở vòng đấu đầu tiên, họ làm khách trên sân của Sigma Olomouc, đội bóng xếp thứ 11 mùa trước, kém Slovan Liberec 6 bậc.
Tuy vậy, Andruv Stadion luôn là địa chỉ đến dễ, khó về với đội bóng của Filip Nguyễn. Họ chỉ thắng 1 trong 5 trận gần nhất. Và khó khăn bủa vây lấy các vị khách khi phút 16, Sigma Olomouc có bàn thắng mở tỷ số. Xuất phát từ pha đá phạt góc, bóng tìm đến Hubnik, hậu vệ này chuyền bóng chuẩn xác để Pablo Gonzalez băng vào đánh đầu trong sự bất lực của thủ thành Filip Nguyễn.
Nhận bàn thua sớm song các đồng đội của Filip Nguyễn không thể hiện sự áp đảo. Ngược lại, Filip Nguyễn liên tiếp gặp phải sóng gió trước các đợt hãm thành của đối phương. Anh may mắn không thua thêm ở hiệp 1.
Sau giờ nghỉ, Slovan Liberec lột xác khi đẩy cao đội hình tìm bàn gỡ hòa. Sau hàng loạt cơ hội tạo ra, phút 66, họ được hưởng penalty nhưng cú đá quá nhẹ của Mara không thắng được sự tập trung của thủ thành Mandous.
Bỏ lỡ cơ hội ghi bàn từ chấm phạt đền, Slovan Liberec bỏ lỡ cơ hội giành lấy một điểm khi mọi nỗ lực trong những phút cuối không mang lại bàn thắng. Filip Nguyễn nhận trái đắng đầu tiên ngay vòng 1 giải VĐQG CH Czech.
Ở vòng 2, họ tiếp đón “ông lớn” Viktoria Plzen vào ngày 30/8. Trước đó, Slovan Liberec sẽ xác định đối thủ ở vòng sơ loại thứ 2 Europa League.