Công Phượng đã không được đăng ký trong danh sách của Yokohama FC ở trận đấu với Shonan Bellmare thuộc vòng 2 J.League 1 2023. Một ngày sau đó, anh đã được ra sân thi đấu ở trận đấu tập với Iwate Grulla Morioka. Đội bóng này đang trong quá trình chuẩn bị cho giải hạng 3 J.League 3. Trận đấu này diễn ra trong 3 hiệp đấu, mỗi hiệp 45 phút.

Trước đối thủ bị đánh giá yếu hơn, Công Phượng được thi đấu ở hiệp 2 sau khi Yokohama FC đang bị đối thủ tạm dẫn trước 0-1. Sự có mặt của Công Phượng đã giúp đoàn quân HLV Shuhei Yomoda thi đấu khởi sắc hơn.

Phút 55, Yokohama FC đã có bàn gỡ 1-1 nhờ công của Hasegawa. Việc Công Phượng được bố trí ở vị trí tiền vệ trung tâm cùng Kotaro Hayashi giúp tuyến giữa đại diện J.League 1 kiểm soát bóng nhiều hơn, tạo ra nhiều cơ hội nguy hiểm. Phút 65, Công Phượng chọc khe chếch cánh phải tạo cơ hội cho tiền đạo Kejiro Ogawa dứt điểm nhưng bị thủ môn cản phá.

Sang hiệp thi đấu thứ ba, Công Phượng được đẩy lên đá tiền vệ công, phía sau tiền đạo Kazuma Takai nhưng không phát huy hiệu quả, thậm chí Yokohama FC còn để đối thủ ghi liên tiếp 2 bàn. Tuy nhiên trước khi trận đấu kết thúc, Công Phượng và đồng đội đã kịp san bằng tỉ số 3-3.

Sau trận đấu này, Yokohama FC tiếp tục chuẩn bị cho vòng ba J.League 1 gặp Kashima Antlers trên sân nhà vào ngày 4/3, khả năng Công Phượng được đăng ký là không cao.