Cúp QG 2020 khởi tranh trong bối cảnh đặc biệt khi dịch COVID-19 vẫn diễn biến phức tạp trên toàn thế giới. Ở Việt Nam, dịch bệnh được khống chế song để đảm bảo an toàn cho các trận đấu, VPF đưa ra những giải pháp nhằm phòng, chống dịch COVID-19.
Theo đó, tất cả thành viên BTC, hai đội bóng cùng khán giả (nếu có) đều phải đo thân nhiệt. Những người có thân nhiệt trên 37,5 độ C không được vào sân. Tất cả phải rửa tay bằng cồn diệt khẩu, đeo khẩu trang; các đội bóng, trọng tài, thành viên, đại biểu, phóng viên,… được bố trí xen kẽ.
Trước, sau trận đấu, các cầu thủ không bắt tay. Cầu thủ không khạc, nhổ bữa bài khi thi đấu. Tất cả thành viên trong khu kỹ thuật của hai đội đều phải đeo khẩu trang suốt trận đấu. Đối với các đội khách, khi đến lưu trú ở địa phương cần hạn chế ra ngoài, tránh tiếp xúc nơi đông người. Cầu thủ hai đội thường xuyên kiểm tra đo thân nhiệt trong thời gian tập luyện, trước khi di chuyển đến địa điểm thi đấu.
Cúp QG 2020 là giải đấu đầu tiên trên thế giới cho phép CĐV đến sân sau thời gian tạm hoãn trong bối cảnh dịch COVID-19 chưa được kiểm soát hoàn toàn. Trước đó, giải VĐQG Belarus diễn ra trên sân có khán giả nhưng giải đấu này không bị hoãn.
Vòng 1 Cúp QG diễn ra với trận đấu đầu tiên giữa Nam Định vs HAGL vào lúc 18h00 ngày 23/5. 9 cặp đấu còn lại diễn ra trong hai ngày sau đó là 24-25/5.