Theo trang định giá cầu thủ uy tín Transfermarkt, Lee Nguyễn từng 11 lần thay đổi đội bóng ở các giải đấu chuyên nghiệp. Lần đầu tiên là vào tháng 1/2005 khi anh chuyển từ Indiana Hoosier sang Dallas Texas với chi phí hợp đồng không được tiết lộ.

Chỉ một năm sau, với màn trình diễn ấn tượng, anh đã lọt vào “mắt xanh” các tuyển trạch viên của PSV. Lee Nguyễn chuyển đến Hà Lan theo dạng chuyển nhượng tự do. Mùa hè 2007, Lee Nguyễn bất ngờ bị đẩy xuống đội 1.

Đang ở đỉnh cao sự nghiệp nhưng lại không được thường xuyên thi đấu, tháng 1/2008, anh đầu quân cho Randers (Đan Mạch) với bản hợp đồng không được tiết lộ. Tại đội bóng Đan Mạch, Lee Nguyễn có 23 lần ra sân với phong độ ổn định.

Tuy nhiên, việc không được HLV Bob Bradley gọi vào ĐT Mỹ hay Olympic Mỹ như lời hứa trước đó khiến anh chán nản. Từ đây, bầu Đức đã thuyết phục được anh về thi đấu cho HAGL với bản hợp đồng có thời hạn 3 năm.

Tiền vệ này nhận mức lương 10.000 USD/tháng cùng mức phí chuyển nhượng không được tiết lộ. Chỉ sau một năm ở đội bóng phố Núi, Lee Nguyễn về đầu quân cho B.Bình Dương vào tháng 1/2010. Theo Transfermarkt, anh đi theo diện chuyển nhượng tự do.

Đến tháng 7/2011, Lee Nguyễn chia tay V.League. Sau 5 tháng thất nghiệp, tiền vệ này đầu quân cho Vancouver. Với phong độ ấn tượng, Revolution đã tìm cách để có được sự phục vụ của Lee Nguyễn vào tháng 5/2012 mà không tốn chi phí chuyển nhượng nào.

6 năm thi đấu cho Revolution, Lee Nguyễn là một trong những nhân tố nổi bật của đội bóng. Để rồi, Los Angeles FC đã chi ra 522.000 bảng Anh (gần 16 tỷ đồng) để chiêu mộ Lee Nguyễn vào năm 2018. Hơn một năm sau, khi giải bóng đá nhà nghề Mỹ (MLS) có sự thay đổi về việc lựa chọn cầu thủ (đó là việc “draft”, tức phân bố cầu thủ đến từng đội bóng), Lee Nguyễn đã về đầu quân cho Inter Miami CF với bản hợp đồng có thời hạn 3 năm.

Anh trở thành người của Inter Miami CF vào tháng 11/2019. Giờ đây, TP. HCM sẵn sàng bỏ ra 1 triệu USD để giải phóng hợp đồng cho tiền vệ 34 tuổi này.