Kế nhiệm HLV kỳ cựu Juup Heynckes từ mùa 2013/14, đây là năm thứ 3 và cũng là năm cuối cùng trong hợp đồng ký kết giữa Pep với Bayern. Mặc dù thống trị đấu trường trong nước, song điều mà BLĐ và các CĐV "Hùm xám" xứ Bavaria mong muốn nhất đó là chiếc cúp Champions League thì Pep lại chưa thể giành được cùng Bayern.

Sau khi tuyên bố sẽ chia tay Bayern, chiến lược gia người Tây Ban Nha đã phải nhận một số lời chỉ trích vì cho rằng tuyên bố của Pep sẽ khiến các cầu thủ Bayern bị hoang mang. Tuy nhiên, tiền đạo Thomas Mueller đã phản bác lại những ý kiến trên: "Chúng tôi đã nghe tin Pep sẽ ra đi cuối mùa này cũng được hơn 2 tuần rồi nhưng tôi xin khẳng định: Không bao giờ có chuyện Pep để chuyện tương lai của mình ảnh hưởng đến Bayern hết.

Từ bây giờ đến khi ông ấy chia tay CLB, suy nghĩ hay tư tưởng của ông ấy sẽ chẳng thay đổi gì hết. Giành chiến thắng, giành được những danh hiệu và giúp đội bóng thành công đó luôn là tôn chỉ của ông ấy và Pep sẽ làm tất cả vì Bayern. Ngay từ ngày đầu tiên có mặt ở đây cho đến những ngày cuối cùng, Pep luôn tâm niệm điều đó và đó cũng là điều mà ông nói với chúng tôi".

Mới đây, Pep Guardiola chia sẻ ông rất muốn được dẫn dắt một đội bóng ở nước Anh. Với tình hình hiện tại, cả Chelsea, Man Utd và Man City đều là những điểm đến hấp dẫn với Pep - trong đó Man City được đánh giá là có nhiều cơ hội nhất.